Cómo gestionar nóminas en una pyme española sin errores: guía con Factorial

Al terminar esta guía, tendrás Factorial configurado para procesar las nóminas de tu equipo cada mes sin depender de que tu gestoría te envíe un Excel a última hora. El proceso completo —desde configurar la empresa hasta validar la primera nómina— lleva entre 2 y 4 horas la primera vez. Las siguientes: menos de 30 minutos.

Esto está disponible desde el plan Professional de Factorial. Si aún no tienes cuenta, puedes usar el periodo de prueba gratuito para seguir todos los pasos.

Lo que necesitas

• Cuenta en Factorial: Plan Professional como mínimo — la gestión de nóminas no está disponible en el plan Basic. Puedes usar el trial gratuito para configurarlo todo antes de pagar.
• Datos de la empresa: CIF, número de cuenta bancaria de la empresa, código de cuenta de cotización (CCC) de la Seguridad Social, y convenio colectivo aplicable.
• Datos de cada trabajador: DNI/NIE, número de afiliación a la Seguridad Social, categoría profesional según convenio, salario bruto anual y modelo de IRPF (o los datos para calcularlo).
• Historial del año en curso: Si estás a mitad de año, necesitarás las nóminas ya pagadas para que Factorial calcule bien las retenciones de IRPF acumuladas.
• Nivel técnico necesario: No necesitas saber contabilidad ni derecho laboral para configurar Factorial. Sí necesitas tener a mano los documentos anteriores — sin ellos, no hay software que haga magia.

Pasos

Paso 1: Configura los datos de tu empresa

Qué hacer: Entra en Factorial y ve a "Configuración" → "Empresa" → "Datos laborales". Rellena el CIF, el nombre legal, el código de cuenta de cotización (CCC) y el convenio colectivo que aplica a tu empresa. Si tienes trabajadores en distintas provincias, puedes añadir varios centros de trabajo desde "Centros de trabajo" en el mismo menú.

Por qué: Factorial usa estos datos para generar los ficheros de cotización a la Seguridad Social (Sistema RED) y para aplicar automáticamente las tablas salariales del convenio correcto. Si el convenio está mal, los cálculos de antigüedad y categorías profesionales serán incorrectos.

Qué verás: Una pantalla con el resumen de los datos de la empresa. Si el CCC tiene el formato correcto (11 dígitos), aparecerá validado con un icono verde. Si no, Factorial te avisará antes de continuar.

Paso 2: Da de alta a cada trabajador con su contrato

Qué hacer: Ve a "Equipo" → "Añadir empleado". Para cada persona necesitas: nombre y apellidos, DNI/NIE, fecha de nacimiento, número de afiliación a la Seguridad Social, fecha de alta en la empresa, tipo de contrato (indefinido, temporal, parcial), jornada laboral y categoría profesional según convenio.

Después de crear el perfil, ve a la pestaña "Nómina" dentro de ese empleado y configura: salario bruto anual, forma de pago (transferencia bancaria con el IBAN del empleado), y si tiene prorrateo de pagas extraordinarias o las cobra en junio y diciembre.

Por qué: Factorial genera el contrato y vincula automáticamente la categoría del convenio con las tablas salariales. Esto afecta directamente al cálculo del salario mínimo aplicable, complementos y horas extra.

Qué verás: La ficha del empleado con todas las pestañas: "Datos personales", "Contrato", "Nómina", "Documentos" y "Historial". La pestaña "Nómina" mostrará una previsión del bruto mensual basada en los datos introducidos.

Paso 3: Configura el IRPF de cada empleado

Qué hacer: Dentro de la pestaña "Nómina" de cada empleado, busca el apartado "Retención IRPF". Tienes dos opciones: dejarlo en "Automático" (Factorial calcula la retención según los datos personales del trabajador) o introducir un porcentaje fijo si el empleado te ha entregado un modelo 145 con circunstancias especiales.

Si el empleado ha entregado el modelo 145 —situación familiar, discapacidad, préstamo hipotecario anterior a 2013—, activa la opción "Personalizado" e introduce el porcentaje resultante.

Por qué: El IRPF mal calculado es el error más habitual en nóminas de pymes. Si Factorial no tiene los datos correctos del modelo 145, puede que el trabajador pague de más o de menos a Hacienda durante el año, y eso acaba siendo un problema tuyo en caso de inspección.

Qué verás: Un porcentaje de retención estimado que Factorial calcula en tiempo real mientras introduces los datos. Si el porcentaje se mueve por debajo del 2% o por encima del 45%, la plataforma te muestra un aviso para que lo revises.

Paso 4: Revisa las incidencias del mes antes de cerrar nóminas

Qué hacer: Antes de procesar las nóminas cada mes, ve a "Nóminas" → "Período actual" → "Incidencias". Aquí Factorial agrupa todo lo que puede afectar al cálculo de ese mes: ausencias aprobadas, bajas médicas notificadas, horas extra validadas, vacaciones disfrutadas y cambios de jornada.

Revisa cada incidencia y confirma que está correctamente categorizada. Una baja IT (incapacidad temporal por enfermedad común) tiene un tratamiento diferente a una baja por accidente laboral — si están mal categorizadas, el importe que paga la empresa y el que adelanta la Seguridad Social se calcularán al revés.

Por qué: Factorial puede importar automáticamente las ausencias si tus empleados las registran en la aplicación. Pero la validación final siempre es tuya. Nadie mejor que tú sabe si esa "ausencia justificada" es en realidad una baja médica pendiente de partes.

Qué verás: Una tabla con una fila por cada incidencia del mes: empleado, tipo, fechas y estado ("Pendiente de validar", "Validada", "Rechazada"). Puedes aprobar o rechazar directamente desde esta pantalla sin salir de ella.

Paso 5: Genera y valida las nóminas del mes

Qué hacer: Con todas las incidencias validadas, ve a "Nóminas" → "Generar nóminas". Factorial te pedirá confirmar el período (mes y año) y mostrará un resumen con el coste total de nóminas, la cotización a la Seguridad Social y las retenciones de IRPF del período.

Antes de confirmar, descarga la nómina de uno o dos empleados en PDF desde "Vista previa" y comprueba que los importes cuadran con lo esperado. Si ves algo raro —un complemento que no debería estar, una retención que no encaja—, cancela la generación, corrige el dato en la ficha del empleado y repite.

Por qué: Una vez que confirmas la generación, Factorial marca el período como cerrado. Puedes hacer correcciones posteriores, pero generan una nómina complementaria que complica el historial. Es mucho más limpio revisarlo antes.

Qué verás: Un resumen en pantalla con tres columnas: "Bruto total", "Coste empresa" y "Líquido a pagar". Si los números te parecen raros comparados con el mes anterior, la columna "Variación" te indica en rojo o verde qué ha cambiado y en qué empleado.

Paso 6: Envía las nóminas a tus empleados y gestiona el pago

Qué hacer: Tras confirmar la generación, ve a "Nóminas" → "Distribución". Desde aquí puedes enviar las nóminas a cada empleado por email directamente desde Factorial, o descargarlas todas en un ZIP para distribuirlas tú manualmente.

Para el pago, Factorial genera un fichero SEPA XML que puedes subir directamente a tu banco para procesar la transferencia masiva. Descárgalo desde "Exportar" → "Fichero SEPA". La mayoría de bancos españoles —BBVA, Santander, CaixaBank, Sabadell— lo aceptan directamente en su banca online de empresas.

Por qué: El fichero SEPA elimina el proceso de hacer transferencias manuales una a una. Con 8 empleados no parece mucho, pero el margen de error al teclear IBANs manualmente es real. Un cero de más en el importe o un dígito equivocado en el IBAN puede costarte un día de gestiones con el banco.

Qué verás: Un botón "Descargar SEPA" que genera el fichero al momento. El nombre del fichero incluye el período y la fecha de generación para que no lo confundas con el del mes anterior.

Paso 7: Presenta los seguros sociales a la Seguridad Social

Qué hacer: Factorial genera automáticamente el fichero CRA (Cotización Relación Articulada) compatible con el Sistema RED de la Seguridad Social. Ve a "Nóminas" → "Seguridad Social" → "Exportar CRA".

Si gestionas tú mismo el Sistema RED (tienes el certificado de empresa autorizado), sube el fichero directamente. Si lo gestiona tu gestoría, envíales el CRA — en muchos casos esto permite que tu gestoría se encargue solo de la presentación, reduciendo su tarifa mensual porque ya no tienen que calcular las cotizaciones desde cero.

Por qué: El plazo de presentación de seguros sociales en España es hasta el último día natural del mes siguiente. Si se presenta fuera de plazo, hay recargo automático. Factorial puede enviarte un recordatorio configurado en "Alertas" → "Fechas límite laborales".

Qué verás: El fichero CRA descargado en tu equipo. Tiene extensión .cra y solo lo entiende el Sistema RED o tu gestoría — no intentes abrirlo con Excel.

Errores comunes

La retención de IRPF sale más baja de lo esperado en el primer mes

Síntoma: El porcentaje de retención calculado por Factorial es claramente inferior al que venía aplicando la gestoría anterior.

Causa: Factorial no tiene el historial de retenciones acumuladas del año en curso. Si estás migrando a mitad de año, calcula la retención como si el empleado llevara todo el año con ese salario, pero sin los meses anteriores ya cobrados como base.

Solución: En la ficha de cada empleado, pestaña "Nómina" → "Historial de retenciones", introduce manualmente las bases y retenciones acumuladas desde enero. Factorial recalculará el porcentaje correcto para el resto del año.

El fichero SEPA es rechazado por el banco

Síntoma: Al subir el fichero SEPA al portal de tu banco, aparece un error de formato o el banco lo rechaza sin procesar.

Causa: Algunos bancos españoles exigen el estándar SEPA Pain.001.001.03, y otros el Pain.001.003.03. Factorial genera por defecto el 001.003.03, que es el más habitual, pero hay bancos —especialmente algunos locales y cajas— que solo aceptan el 001.001.03.

Solución: Ve a "Configuración" → "Pagos" → "Formato SEPA" y cambia la versión del estándar. Si no sabes cuál usa tu banco, llama a su línea de banca de empresas — te lo dicen en dos minutos.

Un empleado no aparece en la nómina del mes

Síntoma: Al generar nóminas, uno de tus trabajadores no aparece en el listado o aparece con importe 0 €.

Causa: El empleado tiene la fecha de alta posterior al primer día del período, o tiene el estado "Inactivo" por error en su ficha.

Solución: Ve a la ficha del empleado, pestaña "Contrato", y verifica la fecha de inicio y el estado. Si el estado es "Inactivo", cámbialo a "Activo" y vuelve a generar la nómina. Si el alta es posterior al inicio del período, la nómina se generará con los días proporcionales — es correcto.

💶 Precios de Factorial

Según la información publicada en su web a mayo de 2026, Factorial trabaja con precios por empleado al mes:

• Plan Basic: Incluye control horario y ausencias. No incluye gestión de nóminas.
• Plan Professional: Incluye nóminas, contratos y gestión documental. El precio por empleado varía según el tamaño del equipo — para una pyme de 8 personas, el coste orientativo está en el rango de 4–7 €/empleado/mes + IVA, pero el precio real depende de la negociación comercial.
• Plan Enterprise: Para equipos grandes con necesidades específicas. Precio bajo consulta.

No publican el precio exacto de forma abierta — hay que solicitar demo o presupuesto.

Precios consultados en mayo 2026. Verifica siempre en la web del proveedor antes de contratar.

🇪🇸 Factorial y la normativa española

Factorial es una empresa fundada en Barcelona, lo que tiene implicaciones concretas para ti:

• Interfaz en español: Sí, completamente. Sin necesidad de cambiar ningún idioma.
• Soporte en español: Sí — chat, email y teléfono en español en horario laboral español.
• Documentación oficial: En español, y actualizada con los cambios normativos del mercado laboral español.
• GDPR / LOPDGDD: Factorial firma DPA bajo GDPR. Los datos se almacenan en servidores europeos. Compatible con las obligaciones de la LOPDGDD para la gestión de datos laborales de tus empleados.
• Verifactu: Factorial es un software de RRHH y nóminas, no de facturación. Verifactu no aplica aquí — para facturación, necesitas una herramienta diferente (Holded, Anfix, Quipu).
• Sistema RED: Compatible con la presentación de seguros sociales a través del Sistema RED de la Seguridad Social.
• TicketBAI: No aplica — es específico de facturación en el País Vasco y Navarra.

✅ Lo que nos gusta

• El cálculo automático de IRPF es fiable y se actualiza cuando cambia la normativa — no tienes que acordarte de actualizar tablas cada año.
• La integración nativa con el control de ausencias y el control horario elimina el doble trabajo de pasar datos de una herramienta a otra.
• El soporte en español con conocimiento del mercado laboral español es notablemente mejor que el de herramientas internacionales que llegan con soporte solo en inglés.
• El fichero SEPA y el CRA te permiten gestionar el pago y la presentación a la Seguridad Social desde un solo sitio.

❌ Lo que no nos gusta

• El precio no es transparente. Que no publiquen tarifas claras en su web obliga a pasar por una demo de ventas antes de saber cuánto vas a pagar. Para Carlos, que quiere tomar decisiones rápidas, esto es una fricción innecesaria.
• La gestión de nóminas en casos complejos requiere ayuda. Si tienes trabajadores con reducciones de jornada por guarda legal, excedencias parciales o contratos de relevo, Factorial puede gestionarlos, pero vas a necesitar configurarlos manualmente con ayuda del soporte o de un asesor laboral. No es tan automático como promete la landing.
• El módulo de nóminas no sustituye a un asesor laboral. Factorial gestiona el cálculo y los trámites, pero si hay una duda sobre si un despido está bien hecho o qué convenio aplica exactamente, necesitas hablar con alguien. Algunos usuarios confunden "gestión automatizada de nóminas" con "asesoría laboral" — son cosas distintas.
• Las notificaciones de cambios normativos son reactivas. Factorial actualiza sus tablas cuando hay cambios legales, pero no siempre avisa con suficiente antelación. En enero de 2025, varios usuarios reportaron que la actualización del SMI tardó unos días en reflejarse.

🤔 ¿Para quién NO es Factorial?

• Si tienes menos de 3 empleados y ya tienes gestoría: El coste de Factorial probablemente no justifica lo que ahorras delegando las nóminas. Con 2 empleados, la gestoría suele ser más barata y más rápida.
• Si tu empresa tiene una casuística laboral muy compleja: Empresas con muchos trabajadores a tiempo parcial, varios convenios colectivos simultáneos, o sectores con muchos pluses variables (hostelería, construcción) necesitarán mucha configuración manual o directamente un ERP de RRHH más potente.
• Si buscas solo software de facturación: Factorial es RRHH y nóminas. Para facturación, mira Holded, Anfix o Quipu.
• Si tu gestoría ya usa un sistema propio y la integración es fluida: Cambiar por cambiar tiene un coste de tiempo real. Si lo que tienes funciona, no toques lo que no está roto.

Resultado final

Si has seguido todos los pasos, ahora tienes:

• La configuración inicial completada: datos de empresa, contratos de empleados e IRPF configurados en Factorial.
• Un proceso mensual de nóminas de menos de 30 minutos: revisar incidencias → generar nóminas → validar → enviar SEPA → exportar CRA.
• Trazabilidad completa: cada nómina queda archivada en la ficha del empleado, con historial accesible en cualquier momento para auditorías o inspecciones.
• El siguiente paso lógico es configurar las alertas de fechas límite en "Configuración" → "Alertas laborales" para que Factorial te recuerde los plazos de presentación de seguros sociales y el IRPF trimestral (modelo 111).

Herramientas que facilitan esto

Si aún no tienes cuenta en Factorial, aquí tienes el acceso directo con periodo de prueba:

Si además de nóminas necesitas gestionar la facturación de tu empresa desde un mismo entorno, Holded combina facturación, contabilidad y RRHH básico. No sustituye a Factorial en gestión de nóminas, pero si empiezas desde cero puede interesarte valorar si un ERP integrado te cubre mejor:

¿Preguntas frecuentes?

¿Factorial puede sustituir completamente a mi gestoría laboral?

Depende de lo que te haga la gestoría. Factorial gestiona el cálculo de nóminas, los ficheros para la Seguridad Social y los contratos estándar. Lo que no hace es asesorarte sobre si un despido es procedente, qué convenio aplica en un caso dudoso, o cómo gestionar una inspección de trabajo. Si tu gestoría solo "procesa nóminas", Factorial puede sustituirla. Si también te asesora en temas laborales, necesitarás seguir contando con un asesor aunque uses Factorial.

¿Qué pasa si me equivoco en una nómina ya cerrada?

Factorial permite generar una nómina complementaria para el período corregido. No se puede editar una nómina ya cerrada directamente — se añade la diferencia como nómina adicional en el mes en curso. Esto es lo estándar en la gestión de nóminas en España y la Seguridad Social lo acepta, pero deja un rastro en el historial que tienes que documentar bien si alguna vez hay una inspección.

¿Factorial funciona con todos los convenios colectivos españoles?

Según Factorial, cubren la gran mayoría de convenios colectivos españoles. Convenios sectoriales nacionales (comercio, hostelería, construcción, oficinas y despachos) están incluidos. Convenios provinciales muy específicos o acuerdos de empresa propios pueden requerir configuración manual con ayuda del soporte. Antes de contratar, merece la pena confirmar explícitamente con su equipo comercial que tu convenio está cubierto.

¿Puedo importar las nóminas anteriores de otro software?

Factorial permite importar datos de empleados en CSV. El historial de nóminas de sistemas anteriores no se importa directamente como PDF ni como datos estructurados — lo que puedes hacer es introducir manualmente los acumulados del año (base de cotización y retenciones IRPF) para que los cálculos del resto del año sean correctos. Para el historial completo anterior, tendrás que mantener el archivo de tu sistema o gestoría anterior.

¿Es legal usar software de nóminas sin gestoría en España?

Sí. La ley no obliga a las empresas a contratar una gestoría para gestionar las nóminas. Puedes gestionar tus propias nóminas siempre que cumplan con la normativa laboral y de Seguridad Social. Lo que Factorial no puede hacer por ti es garantizarte que estás aplicando correctamente el convenio colectivo o que una cláusula contractual específica es legalmente válida — eso sigue siendo responsabilidad tuya o de un asesor laboral.

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